ในปี พ.ศ.2538 จังหวัดเชียงราย ซึ่งประสบปัญหาการลักลอบเข้าเมือง การค้ายาเสพติด และการกระทำผิดกฎหมายต่าง ๆ โดยใช้แม่น้ำโขงเป็นช่องทางการลักลอบผ่านเข้า - ออก และลำเลียงผ่านเข้าสู่ประเทศมาโดยตลอด ได้ร้องขอไปยังกองทัพเรือ และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องขอให้ นปข. เข้ารับผิดชอบปฏิบัติงานในพื้นที่ตามลำแม่น้ำโขงของจังหวัดเชียงราย เช่นเดียวกับที่ปฏิบัติอยู่ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ดังนั้น ในวันที่ 1 ตุลาคม 2538 กองทัพเรือ จึงได้จัดตั้ง นปข. เขตเชียงราย ขึ้น เพื่อสนับสนุนกองทัพบก ในการป้องกันประเทศ และรักษาความมั่นคงภายในบริเวณลำแม่น้ำโขง ในพื้นที่จังหวัดเชียงราย โดยมอบให้ขึ้นควบคุมทางยุทธการกับกองทัพภาคที่ 3 กองทัพบก จากผลการประชุม ครม. ร่วมไทย - ลาว ที่เมืองปากเซ แขวงจำปาสัก สปป.ลาว และจังหวัดอุบลราชธานี เมื่อ 20 - 21 มีนาคม 2547 ด้านความมั่นคง โดยฝ่ายไทยจะปรับบทบาทและเปลี่ยนชื่อ นปข. โดยจะให้ดูแลป้องกันและปราบปรามยาเสพติดเป็นภารกิจหลัก และอาชญากรรมข้ามชาติเป็นภารกิจลำดับต่อมา ดังนั้น กห. ได้ให้ความเห็นชอบการเปลี่ยนชื่อจาก "หน่วยปฏิบัติการตามลำแม่น้ำโขง" คำย่อ "นปข." เป็น "หน่วยเรือรักษาความสงบเรียบร้อยตามลำแม่น้ำโขง" คำย่อ "นรข." เมื่อ 28 พฤษภาคม 2547 โดยมีภารกิจและบทบาทในด้านการรักษาความสงบเรียบร้อยตามลำแม่น้ำโขง และตลอดแนวชายฝั่งแม่น้ำโขงในพื้นที่รับผิดชอบเป็นหลัก โดยมุ่งเน้นและให้ความสำคัญต่อการปฏิบัติในการป้องกันและปราบปรามการกระทำผิดกฎหมาย ที่จะส่งผลกระทบต่อความมั่นคงและความสงบเรียบร้อย และการกระทำอื่น ๆ ที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย คุ้มครองและช่วยเหลือประชาชนจากภัยพิบัติต่าง ๆ ด้วยหลักมนุษยธรรม รวมทั้งการเสริมสร้างความสัมพันธ์อันดีต่อประเทศเพื่อนบ้าน