เครื่องหมาย “นาวิกาธิปัตย์” เป็นเครื่องหมายแสดงวิทยฐานะของโรงเรียนเสนาธิการทหารเรือ ผู้ที่มีสิทธิ์ประดับเครื่องหมายคือ ผู้ที่สำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนเสนาธิการทหารเรือ และ นายทหารสัญญาบัตรสังกัดกระทรวงหลาโหมที่สำเร็จการศึกษาจากสถาบันวิชาการทหารที่ มีหลักสูตรเทียบเท่า โรงเรียนเสนาธิการทหารเรือ ลักษณะของเครื่องหมาย เป็นรูปรัศมี ๘ แฉก ทำด้วยโลหะสีทอง กับมีรูปสมอ ๓ ตัว ทำด้วยโลหะสีทองเรียงกันเป็นวงกลม กลางวงกลมของสมอทั้งสามตัวมีรูปจักรอยู่บนพื้นลงยาสีน้ำเงินแก่ เหนือจักรมีรูปพระมหามงกุฎทำด้วยโลหะสีทอง