ภารกิจที่สำคัญประการหนึ่งที่ กองทัพเรือได้รับมอบ คือ การรักษาเส้นทางคมนาคมของประเทศทางทะเล ซึ่งใช้ในการลำเลียงขนส่งสินค้าในยามสงบ กับยุทโธปกรณ์ในยามสงครามทั้งเข้าและออกจากประเทศ นอกจากนี้สถานการณ์ของภูมิภาคและของโลก ในปัจจุบันประเทศต่าง ๆ มีความตื่นตัวในการแสวงหาประโยชน์จากทะเล ทำให้เกิดการอ้างเขตเศรษฐกิจจำเพาะและเขตไหล่ทวีปทับซ้อนกัน ทั้งในอ่าวไทย ทะเลอันดามัน และทะเลจีนใต้ ซึ่งสถานการณ์ต่าง ๆ ที่กล่าวมาแล้วนี้ อาจจะนำไปสู่ความขัดแข้งหรือเกิดการช่วงชิงผลประโยชน์ จนถึงขั้นมีการใช้กำลังทหารในบางพื้นที่ได้ อันอาจจะมีผลกระทบต่อเส้นทางคมนาคม ทางทะเล ทั้งเข้าและออกจากประเทศไทยได้ ซึ่งเส้นทางคมนาคมทางทะเลนี้ มีความสำคัญต่อประเทศไทยเปรียบเสมือนเส้นโลหิตใหญ่ที่หล่อเลี้ยงเศรษฐกิจของประเทศ และความเป็นอยู่ของประชาชนชาวไทยตลอดจนขีดความสามารถในการรบของทุกเหล่าทัพ ที่จะต้องพึ่งพายุทโธปกรณ์จากภายนอกประเทศด้วย และจากข้อมูลของกระทรวงพาณิชย์ ปรากฎว่า สินค้าเข้าและออกของประเทศกว่าร้อยละ ๙๕ ต้องใช้เส้นทางคมนาคมทางทะเล ที่ กองทัพเรือมีหน้าที่คุ้มครองและให้ความปลอดภัยรวมทั้งปัญหาที่ตั้งทางภูมิศาสตร์ของประเทศไทยที่ล่อแหลมต่อการถูกปิดล้อมทางทะเลได้ง่าย ทำให้รัฐบาลเห็นความจำเป็นที่ต้องมีการสร้างขีดความสามารถของกองทัพ โดยเฉพาะกองทัพเรือ ให้มีความเหมาะสมและเพียงพอที่จะสามารถป้องกันประเทศทางทะเล ด้วยการควบคุมทะเลเพื่อที่จะดำรงความปลอดภัยของเส้นทางคมนาคมทางทะเลไว้ ทั้งในยามสงบและยามสงคราม ซึ่งจะเป็นหลักประกันความมั่นคงและความเจริญก้าวหน้าทางเศรษฐกิจของชาติได้ในระยะยาว ด้วยเหตุนี้ คณะรัฐมนตรีจึงได้มีมติเห็นชอบนโยบายและยุทธศาสตร์ในการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล เมื่อ ๑๑ พฤษภาคม ๒๕๓๖ และมีนโยบายส่งเสริมขีดความสามารถของกองทัพให้เหมาะสมและเพียงพอกับความจำเป็น เพื่อดูแลและปกป้องอธิปไตย ผลประโยชน์ของชาติ ซึ่งหมายถึงการรักษาความปลอดภัยให้กับกิจการพาณิชย์นาวี และเส้นทางลำเลียงสินค้าทางทะเล รวมทั้งการแสวงหาทรัพยากรที่สำคัญในทะเล นอกจากนี้สถานการณ์ในปัจจุบัน ประเทศมหาอำนาจได้มีนโยบายที่จะลดบทบาททางทหารของตนลง เนื่องมาจากผลของการสิ้นสุดยุคสงครามเย็น (COLD WAR) ระหว่างฝ่ายโลกเสรีที่มีสหรัฐ ฯ เป็นผู้นำ กับฝ่ายคอมมิวนิสต์ที่มีรัสเซียเป็นผู้นำ รวมทั้งผลสืบเนื่องมาจากการที่ระบบเศรษฐกิจของประเทศมหาอำนาจเหล่านี้อยู่ในภาวะถดถอย การที่ประเทศมหาอำนาจถอนตัวจากภูมิภาค และลดบทบาทการเป็นตำรวจโลกลง อาจจะดูเสมือนหนึ่งว่าเป็นการลดโอกาสที่จะเกิดสงครามระหว่างประเทศต่าง ๆ ที่มีอุดมการณ์ทางลัทธิการปกครองที่แตกต่างกันลงได้ แต่เมื่อพิจารณาอย่างรอบคอบจะเห็นได้ว่า การวางมือของมหาอำนาจก็ทำให้เกิด “ภาวะสูญญากาศทางทหาร” (POWER VACCUUM) ในภูมิภาคต่าง ๆ ขึ้น ประเทศบางประเทศจึงค่อยๆ พยายามที่จะขยายอิทธิพลเข้ามาแทนที่ นอกจากนี้การที่ประเทศต่าง ๆ ปราศจากศัตรูร่วมกัน (COMMON ENEMY) ทำให้มีโอกาสที่ประเทศต่าง ๆ เกิดความขัดแย้งขึ้นได้โดยง่าย ในการนี้ประเทศที่มีพลังอำนาจทางทหารจะสามารถใช้กำลังกับประเทศที่มีความอ่อนแอกว่าได้ง่ายขึ้นกว่าแต่ก่อนนี้

        

กองทัพเรือจึงได้กำหนดยุทธศาสตร์ทางเรือในการป้องกันประเทศ เพื่อให้สอดคล้องกับภารกิจสำคัญข้างต้น โดยจะทำการคุ้มครองการใช้ประโยชน์จากทะเลของฝ่ายเรา และปฏิเสธการใช้ทะเลของข้าศึกในห้วงเวลาที่ต้องการวางกำลังป้องกันประเทศทางทะเลไว้เป็นชั้น ๆ ตั้งแต่แนวป้องกันบริเวณชายฝั่งของประเทศไทยออกไปจนถึงแนวป้องกันชั้นนอกสุดที่อยู่ในทะเลหลวงซึ่งการป้องกันในลักษณะนี้ก็คือ การป้องกันทางลึก (DEFENCE IN DEPTH) ในการนี้จำเป็นต้องใช้กำลังรบที่มีความสมดุลและสอดคล้องกัน ทั้งบนผิวน้ำ ในอากาศ และใต้ทะเล กล่าวคือกำลังรบทางเรือทั้งส่วนที่เป็นเรือรบผิวน้ำ เครื่องบินที่ใช้ปฏิบัติการในทะเล และเรือดำน้ำจะต้องมีจำนวนและประเภทที่สมดุลย์และสอดคล้องกัน ทั้งนี้เพื่อให้กำลังทางเรือเหล่านี้สามารถประกอบกำลังเข้าด้วยกัน เพื่อปฏิบัติภารกิจต่าง ๆ ที่ได้รับมอบหมายให้สำเร็จลุล่วงไปด้วยดีรวมทั้งเพื่อให้สามารถเผชิญกับภัยคุกคามทุกรูปแบบได้ในเวลาเดียวกัน ซึ่งจากยุทธศาสตร์ทางเรือดังกล่าวจำเป็นต้องใช้เรือดำน้ำเป็นกำลังปฏิบัติการในแนวป้องกันชั้นนอกสุด เนื่องจากมีความคล่องตัว ตรวจพบและทำลายได้ยาก รวมทั้งยังสามารถปฏิบัติการในพื้นที่ที่ข้าศึกมีกำลังทางอากาศปฏิบัติการอยู่อย่างหนาแน่นได้ อีกทั้งเรือดำน้ำยังเป็นอาวุธปราบเรือดำน้ำข้าศึกที่ได้ผลดีที่สุด เปรียบเสมือนการใช้รถถังปราบรถถังของกองทัพบก หรือการใช้เครื่องบินสกัดกั้นเครื่องบินรบข้าศึกของกองทัพอากาศ ดังนั้น เรือดำน้ำจึงเป็นองค์ประกอบของยุทธศาสตร์การป้องกันทางลึกที่มีความสำคัญมาก ซึ่ง กองบัญชาการทหารสูงสุด และกระทรวงกลาโหมได้ผ่านการพิจารณาอนุมัติแผน ฯ ไว้แล้ว ตั้งแต่ปี ๒๕๓๕ และเนื่องจากการเสริมสร้างกำลังเรือดำน้ำเป็นเรื่องต้องใช้เวลานานที่จะให้มีความพร้อมทั้งทางด้าน องค์บุคคล องค์วัตถุ และองค์ยุทธวิธี ฉะนั้นจึงมีความจำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องเริ่มดำเนินการจัดหาเรือดำน้ำเสียตั้งแต่ในปัจจุบัน

ในอดีต กองทัพเรือได้เคยมีเรือดำน้ำใช้ราชการมาแล้ว จำนวน ๔ ลำ ต่อจากประเทศญี่ปุ่น โดยได้เข้าประจำการใน กองทัพเรือ ตั้งแต่ พ.ศ.๒๔๘๑ ถึง ๒๔๙๔ รวม ๑๓ ปี แต่เนื่องจากประเทศญี่ปุ่นเลิกสายการผลิตอะไหล่เรือดำน้ำหลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ จึงทำให้ กองทัพเรือไม่สามารถจัดหาอะไหล่เพื่อมาซ่อมทำเรือตามระยะเวลาได้เรือดำน้ำทั้ง ๔ ลำ จึงต้องปลดระวางประจำการไปก่อนเวลาอันควร แต่ในระหว่างที่เรือดำน้ำทั้ง ๔ ลำ ได้เข้าประจำการใน กองทัพเรือ นั้น เรือทั้ง ๔ ลำ ได้ปฏิบัติภารกิจเพื่อป้องกันประเทศชาติ ทั้งในสงครามอินโดจีนและสงครามโลก ครั้งที่ ๒ ได้ผลดีมาโดยตลอด รวมทั้งเป็นกำลังสำคัญที่ใช้ในการป้องปราม โดยเฉพาะต่อเรือรบฝรั่งเศสในสงครามอินโดจีน

ในปัจจุบันเรือดำน้ำก็ยังคงเป็นกำลังสำคัญในการป้องปรามต่อชาติที่เป็นคู่กรณีพิพาท แม้กระทั่งกองทัพเรือของชาติมหาอำนาจที่จะเข้าปฏิบัติการในน่านน้ำที่มีเรือดำน้ำของฝ่ายตรงข้ามปฏิบัติการอยู่ ยังจะต้องพิจารณาทบทวนโดยรอบคอบ ดังนั้น หากกองทัพเรือมีเรือดำน้ำใช้ในราชการแล้ว ในยามสงครามฝ่ายเราจะสามารถปฏิบัติภารกิจในการป้องกันประเทศทางทะเล ซึ่งได้แก่ การควบคุมทะเล และคุ้มครองเส้นทางคมนาคมทางทะเลได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ หากพิจารณาในด้านการรักษาสมดุลของกำลังทางเรือกับประเทศในภูมิภาคแล้ว ในขณะที่ประเทศต่าง ๆ เสริมสร้างกำลังเรือผิวน้ำเป็นจำนวนมาก หาก กองทัพเรือจะจัดหาเรือดำน้ำเพียงไม่กี่ลำก็จะสามารถรักษาสมดุลกำลัง ๆ ได้ นอกจากนี้ ในยามสงบเรือดำน้ำยังสามารถใช้วางกำลังลาดตระเวนบริเวณปากอ่าวไทย เพื่อตรวจจับ ติดตาม และป้องกันการเล็ดลอดเข้ามาปฏิบัติการของกำลังทางเรือต่างชาติในอ่าวไทยได้เป็นอย่างดี ซึ่งที่ผ่านมากองทัพเรือได้รับรายงานจากเรือสินค้า เรือประมง และฐานขุดเจาะก๊าซธรรมชาติในอ่าวไทยว่า ได้พบเห็นกล้องตาเรือดำน้ำบ่อยครั้ง นอกจากนี้เรือดำน้ำยังใช้ในการฝึกกำลังเรือรบผิวน้ำที่มีหน้าที่ในการปราบเรือดำน้ำได้เป็นอย่างดี เท่าที่ผ่านมา กำลังเรือปราบเรือดำน้ำของ กองทัพเรือได้มีโอกาสฝึกปราบเรือดำน้ำจริงน้อยมาก เพราะต้องอาศัยเรือดำน้ำต่างชาติพันธมิตร ฉะนั้น การฝึกส่วนใหญ่จะดำเนินการในลักษณะฝึกปราบเรือดำน้ำสมมติ (SIMULATE) ซึ่งเปรียบเทียบได้กับการฝึกซ้อมของนักฟุตบอลที่ไม่มีลูกฟุตบอลไว้ซ้อมเตะ ดังนั้น ขีดความสามารถของเรือปราบเรือดำน้ำของ กองทัพเรือย่อมจะไม่สามารถพัฒนาขึ้นไปจนถึงจุดสูงสุดเท่าที่ควรจะเป็นได้