เมื่อทหารได้ลงประจำเรือพร้อมกันแล้ว จึงได้รับการฝึกหัดศึกษาตามหลักสูตรของวิชาการเรือดำน้ำอย่างเต็มที่ เป็นต้นว่าศึกษาและฝึกหัดการใช้เครื่องจักร เครื่องไฟฟ้า ตลอดจนเครื่องมือเครื่องใช้ต่าง ๆ รวมทั้งการฝึกประจำสถานีเรือด้วย การฝึกหัดนี้กระทำอยู่กับที่โดยเรือจอดอยู่ในอ่าวโกเบหลังเขื่อนกันคลื่น เมื่อทหารประจำเรือคล่องแล้ว จึงฝึกแล่นบนผิวน้ำ หัดการบังคับเรือและใช้เครื่องจริง ๆ ฝึกหัดดำ ฝึกหัดยุทธวิธีของเรือดำน้ำในลักษณะต่าง ๆ เป็นขั้น ๆ ไปหลายครั้งหลายหน ภายใต้การควบคุมอย่างใกล้ชิดของอาจารย์และครู จนแน่ใจว่าทำได้แน่ไม่ผิดพลาด ก่อนหน้านี้ นายทหารและทหารไทยก็ได้ไปทำการดำกับเรือดำน้ำญี่ปุ่นชื่อ โระ ๖๔ ที่ฐานทัพเรือไมซูรุ ทางฝั่งตะวันตกของเกาะฮอนชู เป็นการปฐมนิเทศน์ด้วย

          เมื่อการศึกษาและการฝึกหัดได้เสร็จสิ้นแล้ว จนสามารถปล่อยเดี่ยว คือสามารถบังคับและใช้เรือได้โดยเฉพาะพวกทหารเรือไทยเอง ก็ถือได้ว่าเรียนสำเร็จตามหลักสูตรวิชาการเรือดำน้ำโดยสมบูรณ์ คณะทหารจึงได้เตรียมตัวเพื่อเดินทางกลับประเทศไทย