เรือดำน้ำออกฝึกเป็นครั้งแรกในปี พ.ศ.2481 ไปทำการคายไฟหม้อแบตเตอรี่ และทดลองดำ ระยะเวลา 15 วัน ตั้งแต่ 26 ก.ย.81 ถึง 10 ต.ค.81 ทำการฝึกดำบริเวณด้านใต้เกาะคราม เรือที่ออกฝึกมีเรือดำน้ำทั้ง 4 ลำ คือ ร.ล.มัจฉาณุ ร.ล.พลายชุมพล ร.ล.วิรุณ และ ร.ล.สินสมุทร มี ร.ล.พงัน (เรือรุ่นเดียวกับ ร.ล.สีชัง) เป็นเรือพี่เลี้ยง เรือทุกลำดำทดลองที่ทุ่นก่อน 1 ครั้ง แล้วออกปฏิบัติการดำในทะเลด้านใต้เกาะคราม ร.ล.มัจฉาณุ และ ร.ล.พลายชุมพล ฝึกดำลำละ 2 ครั้ง ร.ล.วิรุณ และ ร.ล.สินสมุทร ฝึกดำลำละ 3 ครั้ง การดำนี้เป็นการฝึกทบทวนเจ้าหน้าที่ให้เกิดความชำนาญในการดำและจอดแขวน (hanging) การแต่งเรือ การดำหาเส้นโค้งโมเมนต์ของเรือเพื่อจะได้ทราบว่าเรือมีกำลังลอยเหลืออยู่เท่าใด จากการอ่านมุมหางเสือนอนหัวและท้ายเรือ

          ปลายปี 2481 หมวดเรือดำน้ำประกอบด้วยเรือดำน้ำ 3 ลำ คือ ร.ล.มัจฉาณุ ร.ล.พลายชุมพล และ ร.ล.วิรุณ สนับสนุนด้วยเรือพี่เลี้ยง ร.ล.อ่างทอง (เรือพระที่นั่งเดิม) ออกไปทดลองดำในทะเล ระหว่าง 19 ธ.ค.81 ถึง 28 ธ.ค.81 รวมเวลา 10 วัน ทำการฝึกดำด้านใต้เกาะคราม ร.ล.มัจฉาณุ ดำ 3 ครั้ง ร.ล.พลายชุมพล และ ร.ล.วิรุณ ดำลำละ 1 ครั้ง

          ในปี พ.ศ.2482 หมวดเรือดำน้ำออกไปฝึกดำและแล่นคายไฟมีกำหนด 30 วัน ระหว่างวันที่ 22 พ.ค.82 ถึง 20 มิ.ย.82 มี ร.ล.สีชัง เป็นเรือพี่เลี้ยง เรือดำน้ำออกฝึกทั้ง 4 ลำ แต่ทำการฝึกดำเพียง 2 ลำ คือ ร.ล.สินสมุทร และ ร.ล.พลายชุมพล สำหรับ ร.ล.มัจฉาณุ และ ร.ล.วิรุณ ออกไปแล่นคายไฟตามกำหนดเวลาเท่านั้น ได้ทำการฝึกการบังคับเรือ มีการหัดแต่งน้ำหนักเรือเมื่อดำ การหัดแต่งน้ำหนักเรือเพื่อการจอดแขวน การหัดคนหางเสือนอน หัวเรือ และท้ายเรือ ในการรักษาระยะลึก รักษาระดับของเรือ รักษามุมดำทั้งในเวลาเรือเดินตรงและเลี้ยวการเปลี่ยนลึก การบังคับเรือเมื่อยิงตอร์ปิโด ฝึกอยู่ที่สัตหีบ 1 สัปดาห์ ร.ล.สินสมุทร และ ร.ล.พลายชุมพล ฝึกดำลำละ 2 ครั้ง ด้านใต้เกาะคราม เนื่องด้วยคลื่นลมจัด หมวดเรือได้เดินทางไปฝึกการบังคับเรือและยุทธวิธีที่บริเวณหน้าอ่าวประจวบคีรีขันธ์ แบ่งสนามฝึกออกเป็น 2 สนาม กำหนดเส้นแบริ่งจากเกาะแรดในทิศ 075o เป็นเส้นแบ่งเขตสนาม สนาม 1 อยู่ด้านใต้ สนาม 2 อยู่ด้านเหนือ ร.ล.สินสมุทร ฝึกในสนาม 2 ร.ล.พลายชุมพล ฝึกในสนาม 1

          การฝึกบังคับเรือ นอกจากที่กล่าวมาแล้วก็มีการฝึกกบด้าน ฝึกดำถอยหลัง ฝึกการขึ้นจากดำเพื่อใช้ปืนใหญ่ และการเลิกใช้ปืนใหญ่แล้วดำด่วน นอกจากนั้นได้มีการฝึกทางยุทธวิธี มีการฝึกดำผ่านฉาก คือดำลอดใต้ท้องเรือผิวน้ำ และการหัดนำเรือเข้ายิงตอร์ปิโด

          ปลายปี พ.ศ.2482 กระทรวงกลาโหม มีคำสั่ง ที่ 267/16741 ลง 17 พ.ย.82 ให้ปลดเรือดำน้ำทั้ง 4 ลำ ออกจากทำเนียบเรือประจำการเพื่อทำการซ่อม และได้กลับคือสู่สภาพขึ้นระวางเป็นเรือประจำการ ตามคำสั่งทหารที่ 59/2002 ลง 3 พ.ค.83