มนุษย์เรามีความใฝ่ฝันอยู่หลายประการ แต่ความใฝฝันที่แปลกประหลาดที่สุดซึ่งมนุษย์มีมาตั้งแต่สมัยโบราณกาลทุกชาติทุกภาษามีอยู่ ๒ ประการคือ การใฝ่ฝันอยากบินได้เหมือนนก และอยากแหวกว่ายในน้ำได้เหมือนปลา ทั้ง ๆ ที่ธรรมชาติมิได้สร้างมนุษย์ให้มีความสามารถอย่างใดอย่างหนึ่งดังกล่าวแม้แต่น้อย ความใฝ่ฝันของมนุษย์ได้กลายเป็นจินตนาการและแสดงออกในรูปของนิยายหรือความเชื่อถือในอภินิหารต่าง ๆ ที่เกี่ยวกับศาสนา เป็นต้น อย่างไรก็ตามในที่สุดมนุษย์ก็สามารถเอาชนะธรรมชาติได้ การบินในอากาศจนกระทั่งถึงออกไปในอวกาศมิใช้เป็นสิ่งเหลือวิสัยอีกต่อไป เรือดำน้ำขับเคลื่อนด้วยพลังนิวเคลียร์ในปัจจุบันก็สามารถอยู่ใต้น้ำได้ตลอดเวลาโดยเกือบมิต้องพึ่งอากาศจากภายนอกเลย

เช่นเดียวกับเครื่องบิน ความต้องการในการใช้เรือดำน้ำในระยะเริ่มแรกก็เนื่องมาจากความต้องการเกี่ยวกับการทำสงคราม กล่าวคือ ความต้องการที่จะมีอาวุธที่มีอานุภาพเหนือกว่าข้าศึก หรือเครื่องมือที่สามารถแก้และลบล้างอานุภาพของอาวุธข้าศึกที่เหนือกว่าได้ หรือในบางกรณีอาจมีความจำเป็นต้องปฏิบัติการในทางลับแบบซ่อนพรางในน่ำนน้ำของข้าศึก เป็นต้น

ความพยายามที่จะประดิษฐ์เรือให้ทำงานใต้น้ำได้ ครั้งแรก ๆ ที่ได้มีการบันทึกหลักฐานไว้ กระทำเมื่อปี พ.ศ.๒๓๒๑ โดยชาวอังกฤษชื่อ William Bourn มีแนวความคิดที่จะดัดแปลงเรือลักษณะธรรมดาให้สามารถปล่อยน้ำเข้าให้จมและขับน้ำออกให้ลอย ทั้งนี้โดยใช้กำลังคนในการขับเคลื่อน ยานใต้น้ำที่นำมาใช้ในสงครามทางเรือครั้งแรก แต่ไม่ได้ผลนักคือ ยาน Turtle ของนาย Bushnell ซึ่งใช้ในสงครมมกู้อิสรภาพของสหรัฐอเมริกา จากการปกครองของอังกฤษ เมื่อ พ.ศ.๒๓๓๐

หลังจากนั้นเรือดำน้ำได้วิวัฒนาการไปอย่างรวดเร็วทั้งในด้านตัวเรือ การขับเคลื่อนและระบบอาวุธ เช่น ในพ.ศ.๒๔๔๔ อังกฤษมีเรือดำน้ำลำแรกที่ขับเคลื่อนด้วยเครื่องยนต์เบนซินบนผิวน้ำ และใช้แบตเตอรีเมื่อวิ่งใต้น้ำ ต่อมาได้มีการเปลี่ยนจากเครื่องยนต์เบนซินเป็นเครื่องยนต์ดีเซล และใช้ต่อมาจนถึงสงครามโลกครั้งที่ ๒ สำหรับเรือดำน้ำขับเคลื่อนด้วยพลังนิวเคลียร์เริ่มมีใช้เมื่อหลังสงครามโลก อันเป็นก้าวสำคัญที่ทำให้เรือดำน้ำกลายเป็นยานใต้น้ำอย่างแท้จริง กล่าวคือ ไม่ต้องโผหรืออาศัยอากาศจากภายนอกเลย วิวัฒนาการล่าสุดน่าจะได้แก่เรือคลานใต้น้ำ ซึ่งเป็นเรือดำน้ำขนาดเล็กที่มีตีนตะขาบแบบรถถัง สามารถวิ่งใต้น้ำแบบเรือหรือคลานในพื้นท้องทะเลได้ โดย ทร.สวีเดน ได้ตรวจพบร่องรอยใน้น่านน้ำของตนเมื่อหลายปีที่ผ่านมา และคาดว่าเป็นเรือของรัสเซีย

สำหรับในด้านอาวุธนั้นก็ได้วิวัฒนาการอย่างรวดเร็วเช่นเดียวกัน เริ่มตั้งแต่ตอร์ปิโดทุ่นระเบิด จนกระทั่งในปัจจุบันเรือดำน้ำขับเคลื่อนแบบธรรมดาสามารถติดอาวุธปล่อยใต้น้ำ-สู่-พื้น ระยะยิงถึง ๖๐ - ๑๐๐ ไมล์ทะเลต่อเป้าเรือผิวน้ำ รวมถึงเรือดำน้ำนิวเคลียร์ติดขีปนาวุธ ระยะยิง ๒๐๐๐ - ๓๐๐๐ ไมล์ต่อเป้าหมายบนบก ซึ่งอำนาจการทำลายจากเรือดำน้ำติดขีปนาวุธเพียงลำเดียว สูงกว่าจำนวนลูกระเบิดที่ใช้ในระหว่างสงครามโลกครั้งที่สองทั้งหมด