การแบ่งประเภทได้มีการเปลี่ยนแปลงตามวิวัฒนาการของเรือดำน้ำตามยุคสมัยเช่นเดียวกัน ในบางครั้งได้แบ่งประเภทตามขนาดของเรือ และในบางครั้งช่วงแบ่งตามความมุ่งหมายในการใช้ หรือแบ่งตามแบบของการขับเคลื่อน เป็นต้น อย่างไรก็ตามในปัจจุบันได้มีการกำหนดประเภทในลักษณะกว้าง ๆ ดังนี้

๒.๑ CONVENTIONALLY POWERED ATTACK SUBMARINE (SS) คือ เรือดำน้ำขับเคลื่อนแบบธรรมดา กล่าวคือ ใช้เครื่องยนต์ดีเซลเมื่อวิ่งบนผิวน้ำ และแบตเตอร์รี่ขับมอเตอร์เมื่อวิ่งใต้น้ำ (Diesel - electric) อาวุธหลักเป็นอาวุธธรรมดาคือ ตอร์ปิโด

๒.๒ NUCLEAR POWERED AUXILIARY SUBMARINE (SSAN) คือเรือดำน้ำที่ขับเคลื่อนด้วยพลังนิวเคลียร์ เป็นเรือที่ให้การสนับสนุน ใช้ในภารกิจฝึก การดำเนินการทางลับ และใช้สอยในกิจการต่างๆ กองทัพเรือรัสเซีย ถือเป็นอาวุธป้องปรามได้

๒.๓ CONVENTIONALLY POWERED BALLISTIC MISSILE SUBMARINE (SSB) คือเรือดำน้ำขับเคลื่อนแบบธรรมดา แต่ติดอาวุธหลักคือ ขีปนาวุธระยะไกลสำหรับโจมตีเป้าหมายบนบก

๒.๔ NUCLEAR POWERED BALLISTIC MISSILE SUBMARINE (SSBN) คือเรือดำน้ำที่ขับเคลื่อนด้วยพลังนิวเคลียร์ มีขีปนาวุธระยะไกลต่อเป้าหมายบนบกเป็นหลัก กองทัพเรือของชาติมหาอำนาจ เช่น สหรัฐอเมริกา และรัสเซีย มีเรือดำน้ำประเภทนี้เป็นจำนวนมากและถือเป็นอาวุธป้องปรามที่สำคัญ

๒.๕ CONVENTIONALLY POWERED GUIDED MISSILE SUBMARINE (SSG) คือ เรือดำน้ำขับเคลื่อนแบบธรรมดา แต่ติดอาวุธปล่อยใต้น้ำ-สู่-พื้นสำหรับโจมตีต่อเป้าหมายเรือผิวน้ำ

๒.๖ NUCLEAR POWERED CRUISE MISSILE SUBMARINE (SSGN) เป็นเรือดำน้ำขับเคลื่อนด้วยพลังนิวเคลียร์ และติดอาวุธปล่อยใต้น้ำ-สู่-พื้นแบบร่อน (cruise) เป็นอาวุธหลัก

๒.๗ CONVENTIONALLY POWERED ANTI-SUBMARINE CAPABILITY SUBMARINE (SSK) คือเรือดำน้ำขับเคลื่อนแบบธรรมดา แต่ติดอาวุธหลักคือ ตอร์ปิโด และมีขีดความสามารถพิเศษและสูง ในการไล่ล่า และโจมตีเรือดำน้ำด้วยกันเอง

๒.๘ NUCLEAR POWERED ATTACK SUBMARINE (SSN) หมายถึงเรือดำน้ำที่ขับเคลื่อนด้วยพลังนิวเคลียร์ ทั้งบนผิวน้ำและใต้น้ำ ติดอาวุธตอร์ปิโดเป็นอาวุธหลัก สำหรับโจมตีต่อเป้าเรือผิวน้ำหรือเรือดำน้ำ

ที่กล่าวมาแล้วข้างต้นเป็นการแบ่งประเภทเรือดำน้ำอย่างกว้าง ๆ บางประเทศยังมีการแบ่งปลีกย่อยไปอีก เช่น เรือดำน้ำขับเคลื่อนแบบธรรมดา ยังอาจแบ่งออกเป็น

- เรือดำน้ำจิ๋ว (MIDGET OR PIGMY SUBMARINE) เป็นเรือดำน้ำขนาดเล็กมาก มีความแข็งแรงและระยะปฏิบัติการน้อย มีพลประจำเรือไม่กี่คน

- เรือดำน้ำเดินสมุทร (PATROL OR OCEANIC SUBMARINE) คือ เรือดำน้ำขับเคลื่อนแบบธรรมดาที่มีขนาดใหญ่ ซึ่งในสงครามโลกครั้งที่ ๒ มีใช้กันมาก ระวางขับน้ำตั้งแต่ ๑๕๐๐ ตันขึ้นไป และมีระยะเวลาการปฏิบัติการในทะเลมากกว่า ๔๐ วัน