ส่วนสำคัญของตัวเรือดำน้ำก็คือ ตัวเรือต้านทานแรงกด (PRESSURE HULL) ซึ่งปกติจะเป็นรูปทรงกระบอก กลมและรีเล็กลงทางหัวและท้าย ซึ่งจะใช้เป็นที่ติดตั้งอุปกรณ์และอาวุธต่างๆ ของเรือดำน้ำแทบทั้งสิ้น ตั้งแต่อาวุธ ระบบอาวุธ เครื่องจักรขับเคลื่อน จนกระทั่งถึงเครื่องบังคับต่างๆ อีกทั้งยังเป็นที่พักและที่ปฏิบัติงานของกำลังพลประจำเรือด้วย นอกจากตัวเรือต้านทานแรงกดซึ่งอยู่ชั้นในสุดแล้ว ยังอาจมีตัวเรือชั้นนอกเพื่อความมุ่งหมายบางอย่าง เช่น เป็นที่บรรจุน้ำมันเชื้อเพลิง น้ำจืด และน้ำอับเฉาสำหรับถ่วงเรือให้จม ตลอดจนมีความมุ่งหมายเพื่อให้ตัวเรือเพรียวเหมาะสมสำหรับการเคลื่อนที่บนผิวน้ำและใต้น้ำ เป็นต้น อย่างไรก็ตามในปัจจุบันอาจแบ่งลักษณะตัวเรือดำน้ำออกเป็น ๓ แบบ คือ

๓.๑ ตัวเรือชั้นเดียว (SINGLE HULL) คือ เรือดำน้ำซึ่งมีเฉพาะตัวเรือต้านทานความกดเพียงอย่างเดียว ซึ่งนอกจากจะใช้สำหรับติดตั้งอุปกรณ์ อาวุธ พื้นที่ปฏิบัติงาน และที่พักอาศัยแล้ว ยังเป็นที่เก็บน้ำมันเชื้อเพลิง น้ำอับเฉา น้ำจืด และสิ่งอื่น ๆ ด้วย ดังนั้นข้อเสียของเรือดำน้ำแบบตัวเรือขั้นเดียวก็คือ พื้นที่ในเรืออาจคับแคบ แต่ก็มีข้อดีที่ว่าการระวังรักษาตัวเรือซึ่งเรือดำน้ำที่ต้องดำเนินการเป็นพิเศษนั้น กระทำได้ง่ายขึ้น ปัจจุบันเรือดำน้ำสมัยใหม่เฉพาะอย่างยิ่งเรือดำน้ำพลังนิวเคลียร์มักจะเป็นแบบตัวเรือชั้นเดียว

๓.๒ ตัวเรือถังอานม้า (SADDLE TANK HULL) เป็นเรือดำน้ำที่มีตัวเรือภายนอกประกบตัวเรือต้านทานความกดเพียงบางส่วน ปกติจะอยู่สองข้างของตัวเรือ สำหรับเก็บน้ำเชื้อเพลิงและเป็นถังน้ำอับเฉา

๓.๓ ตัวเรือสองชั้น (DOUBLE HULL) นอกจากตัวเรือต้านทานความกดแล้ว ยังมีตัวเรือภายนอกอีกหนึ่งชั้นโดยรอบ ซึ่งพื้นที่ระหว่างตัวเรือทั้งสองนี้ จะเป็นพื้นที่เก็บน้ำมันเชื้อเพลิง น้ำจืด และน้ำอับเฉา ข้อดีที่สำคัญคือ เรือดำน้ำตัวเรือแบบนี้จะมีระยะปฏิบัติการเพิ่มขึ้น

ถึงแม้ว่าแนวความคิดในการออกแบบเรือดำน้ำ โดยทั่วไปมีความมุ่งหมายเพื่อให้เรือสามารถปฏิบัติการในน่านน้ำข้าศึกโดยไม่ถูกตรวจพบ (ใต้น้ำ) กล่าวคือ ต้องสามารถปฏิบัติการใต้น้ำได้ดีและนานที่สุด แต่ในระหว่างสงครามโลกครั้งที่สอง เรือดำน้ำส่วนใหญ่ยังคงมีการออกแบบให้มีความคล่องตัวในการปฏิบัติการบนผิวน้ำมากกว่าใต้น้ำ ซึ่งทำให้คุณลักษณะของเรือมีความเร็วสูงกว่า เป็นต้น ทั้งนี้เพื่อให้สามารถเดินทางบนผิวน้ำไปสู่พื้นที่หมายโดยเร็วที่สุด ดังนั้นความยาวต่อความกว้างของตัวเรือมักจะสูงกว่า ๑๐ : ๑ ทั้งนี้เพราะคำนึงถึงในด้านการลดคลื่นที่เกิดจากตัวเรือบนผิวน้ำและความเสียดทาน (Friction) ของตัวเรือเมื่ออยู่ใต้น้ำ ในปัจจุบันการออกแบบเรือดำน้ำจะคำนึงถึงความเร็วสูงใต้น้ำเป็นหลัก จึงต้องลดความเสียดทานให้มากที่สุด และอัตราส่วนความยาวต่อความกว้างจึงลดลงมาเหลือประมาณ ๖ : ๑ และมักจะมีลักษณะเป็นรูป "หยาดน้ำตา" (Tear-drop) เพื่อลดความเสียดทานให้ดียิ่งขึ้นตามหลักการของ Hydrodynamics

ส่วนบนของตัวเรือเป็นที่ติดตั้งสะพานเดินเรือ ซึ่งภาษาอังกฤษเรียกว่า Sail หรือ Fin โดยเป็นที่นำเรือเมื่อเรือวิ่งบนผิวน้ำ แต่ความมุ่งหมายหลักคือ ใช้เป็นที่ติดตั้งและเก็บเครื่องมือ อุปกรณ์ตรวจจับและค้นหาบนผิวน้ำต่าง ๆ เช่น เรดาร์ กล้องตาเรือ อินฟราเรด และ ESM เป็นต้น นอกจากนี้ยังเป็นที่ติดตั้งท่อหายใจ (Snorkel) และอุปกรณ์การสื่อสารอีกด้วย