ระบบควบคุมการยิงอาวุธในที่นี้จะกล่าวเฉพาะระบบควบคุมการยิงอาวุธตอร์ปิโดเท่านั้น โดยในปัจจุบันระบบควบคุมการยิงอาวุธของเรือดำน้ำมักจะเป็นระบบร่วมกับระบบเครื่องมือค้นหา และระบบศูนย์ยุทธการ หรือที่เรียกว่าเป็น INTEGRATED SYSTEM ทั้งนี้เพื่อความสะดวกและความรวดเร็วในการปฏิบัติการ ตลอดจนเพื่อเป็นการลดจำนวนกำลังพลลงอีกด้วย

ข้อมูลจากเครื่องมือค้นหาต่าง ๆ เช่น โซนาร์ ESM และกล้องตาเรือจะถูกป้อนโดยอัตโนมัติเข้าเครื่องคำนวณ แล้วแสดงข้อมูลบนจอภาพซึ่งอาจจะมีเพียงจอเดียวหรือมากกว่าก็ได้ เครื่องคำนวณดังกล่าวอาจถือว่าเป็นระบบศูนย์ยุทธการของเรือซึ่งสามารถติดตามเป้า (TRACKING ) พร้อม ๆ กัน ได้จำนวน ๑๐ - ๒๐ เป้า หลังจากนั้นก็จะป้อนค่าของเป้าที่ต้องการไปให้เครื่องควบคุมการยิงซึ่งอาจจะมีจอภาพและแป้นบังคับของตนเองต่างหาก หรือบางแบบก็ใช้จอภาพร่วมกับเครื่องศูนย์ยุทธการที่กล่าวแล้ว อย่างไรก็ตามระบบควบคุมการยิงสมัยใหม่โดยทั่วไปจะสามารถควบคุมการยิงอาวุธต่อเป้าพร้อม ๆ กัน ๒ - ๓ เป้า เท่านั้น