กองอนุศาสนาจารย์ มีหน้าที่อำนวยการและดำเนินการเกี่ยวกับการอบรมและสอนศีลธรรม วัฒนธรรม รวมทั้งดำเนินการศาสนพิธี เป็นที่ปรึกษาเกี่ยวกับสวัสดิภาพทางจิตใจ แก่กำลังพลของกองทัพเรือ   แบ่งเป็น ๔ แผนก คือ                 ๑. แผนกวิชาการ  มีหน้าที่ค้นคว้า เรียบเรียง และเผยแพร่วิชาการเกี่ยวกับการอนุศาสนาจารย์ ให้คำแนะนำในการกำหนดแนวการสอน การอบรมศีลธรรม การจัดทำตำราเกี่ยวกับศาสนา และวัฒนธรรมให้แก่โรงเรียนต่าง ๆ ในกองทัพเรือ ตลอดจนวิจัยปัญหาด้านจริยธรรมและสวัสดิภาพทางจิตใจ                 ๒. แผนกอบรมศีลธรรม มีหน้าที่เสนอแนะและดำเนินการอบรมศีลธรรม และวัฒนธรรมแก่หน่วยต่าง ๆ ตลอดจนสอนวิชาการศาสนาและศีลธรรมในโรงเรียนต่าง ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย                 ๓. แผนกศาสนพิธี  มีหน้าที่ดำเนินการและให้คำแนะนำในด้านศาสนพิธี  กำหนดอัตราและมาตรฐาน ควบคุม จัดหา เก็บรักษา แจกจ่าย และจำหน่ายพระพุทธรูปบูชาประจำหน่วย รวมทั้งเสนอแนะในการกำหนดมาตรฐานโต๊ะหมู่บูชา พร้อมเครื่องประกอบ                 ๔. แผนกจิตนิเทศ   มีหน้าที่ให้คำปรึกษาในการแก้ปัญหาทางใจแก่กำลังพลของกองทัพเรือ เยี่ยมบำรุงขวัญทหารที่ปฏิบัติราชการสนาม ทหารที่เจ็บป่วยและต้องขัง  เสนอแนะการแก้ปัญหาทางขวัญและกำลังใจแก่ผู้บังคับบัญชาของหน่วย  รวมทั้งการสนับสนุนการปฏิบัติการทางจิตวิทยาในส่วนที่เกี่ยวข้อง