สถานศึกษาในกำกับ ยศ.ทร. มี ๒ ระดับ
ระดับที่ ๑. ระดับปริญญาตรี
๑. วิทยาลัยการทัพเรือ ศูนย์วิทยาการ กรมแพทย์ทหารเรือ (วพร.ศวก.พร.)
ระดับที่ ๒. ระดับต่ำกว่าปริญญาตรี
๑. โรงเรียนสื่อสารและเทคโนโลยีสารสนเทศ (รร.สสท.กวก.สสท.ทร.)
๒. โรงเรียนทหารนาวิกโยธิน ศูนย์การฝึก หน่วยบัญชาการนาวิกโยธิน (รร.นย.ศฝ.นย.)
๓. โรงเรียนอิเล็กทรอนิกส์ กองวิทยาการ กรมอิเล็กทรอนิกส์ทหารเรือ (รร.อล.กวก.อล.ทร.)
๔. โรงเรียนพลาธิการ กรมพลาธิการทหารเรือ (รร.พธ.พธ.ทร.)
๕. โรงเรียนนาวิกเวชกิจ ศูนย์วิทยาการ กรมแพทย์ทหารเรือ (รร.นวก.ศวก.พร.)
๖. โรงเรียนการขนส่งทหารเรือ (รร.ขส.กวก.ขส.ทร.)
๗. โรงเรียนดุริยางค์ทหารเรือ กองดุริยางค์ทหารเรือ ฐานทัพเรือกรุงเทพ (รร.ดย.ดย.ทร.ฐท.กท.)
๘. โรงเรียนช่างกรมอู่ทหารเรือ กองการศึกษา กรมพัฒนาการช่าง กรมอู่ทหารเรือ
(รร.ชอร.กศษ.กพช.อร.)