โรงเรียนนายทหารเรือชั้นต้น เป็นหน่วยขึ้นตรงกรมยุทธศึกษาทหารเรือ กองทัพเรือ มีผู้บังคับการโรงเรียนนายทหารเรือชั้นต้น เป็นผู้บังคับบัญชาสูงสุดของโรงเรียน การแบ่งการบริหารราชการกำหนดไว้ตามอัตราเฉพาะกิจ หมายเลข ๔๑๐๐ กรมยุทธศึกษาทหารเรือ ซึ่งแบ่งส่วนราชการและหน้าที่ออกเป็น 3 กอง คือ
 

                    กองบังคับการ มีหน้าที่ บริหารงานและดำเนินการเกี่ยวกับงานธุรการของโรงเรียนนายทหารเรือชั้นต้น

                    กองการปกครอง มีหน้าที่ เกี่ยวกับการปกครองบังคับบัญชา การประเมินคุณลักษณะส่วนบุคคล จัดทำสถิติ และทำทะเบียนประวัติของนายทหารนักเรียน งานพิธีการต่าง ๆ การดูกิจการและศึกษาภูมิประเทศ แก่นายทหารนักเรียน

                    กองการศึกษา มีหน้าที่ ดำเนินการเกี่ยวกับการบริหารและอำนวยการศึกษา กำกับดูแล และประเมินผลการศึกษาของนายทหารนักเรียน จัดทำแผนการศึกษา การประเมินผลการทำงานเป็นคณะของนายทหารนักเรียน รวบรวมและติดตามการออกปัญหาการฝึก การศึกษา และการสัมมนา รวมทั้งเป็นที่ปรึกษาทางวิชาการแก่นายทหารนักเรียน

                     อัตรากำลังพล กองทัพเรือ อฉก.4100 กรมยุทธศึกษาทหารเรือ ใช้ตามคำสั่ง ทร. (เฉพาะ) ลับมาก ที่ 5 / 2552
ลง 1 เม.ย.52 กำหนดอัตรากำลังพลประจำโรงเรียนนายทหารเรือชั้นต้นไว้ มีจำนวนทั้งสิ้นรวม 26 นาย