ศูนย์ศึกษายุทธศาสตร์ทหารเรือ มีหน้าที่ ศึกษา รวบรวมข้อมูล วิเคราะห์ วิจัย พัฒนา ทดสอบ เผยแพร่ และเสนอแนะในเรื่องยุทธศาสตร์ และการสงครามทางเรือ รวมทั้งให้การศึกษาในเรื่องการจำลองยุทธ์

ศูนย์ศึกษายุทธศาสตร์ทหารเรือ แบ่งการจัดหน่วยออกเป็นดังนี้

• กองศึกษายุทธศาสตร์ มีหน้าที่ศึกษาและรวบรวมข้อมูลเกี่ยวกับยุทธศาสตร์ชาติ ยุทธศาสตร์ทหาร ยุทธศาสตร์ทะเล และสมุททานุภาพ ยุทธศาสตร์ทางเรือ ยุทธศาสตร์ของประเทศที่เกี่ยวข้อง ตรวจทดสอบ และ พัฒนาแผนการรบและยุทธศาสตร์ของกองทัพเรือ กำหนดปัญหายุทธศาสตร์ให้นายทหารนักเรียน รวมทั้งติดต่อประสานงานสังเกตการณ์ และการจัดประชุมทางวิชาการเกี่ยวกับยุทธศาสตร์
  
• กองศึกษาการสงครามทางเรือ มีหน้าที่ ศึกษา วิเคราะห์ วิจัยหลักนิยมและยุทธวิธีของการสงครามทางเรือ พัฒนาหลักนิยม และยุทธวิธีเกี่ยวกับสงครามทางเรือของกองทัพเรือ สนับสนุนการกำหนดปัญหาการฝึกจำลองยุทธ์ของหลักสูตรต่าง ๆ ในกรมยุทธศึกษาทหารเรือ รวมทั้งติดต่อประสานงาน สังเกตุการณ์ รวบรวมข้อมูล และจัดการประชุมทางวิชาการ เกี่ยวกับการสงครามทางเรือ
  
• กองการจำลองยุทธ์ มีหน้าที่ประสานงาน กำกับและดำเนินงานการใช้เครื่องจักรคำนวณในเรื่องการฝึกจำลองยุทธ์ การทดสอบแผนและคำสั่ง รวมทั้งแผนการรบและยุทธศาสตร์ของกองทัพเรือ วิเคราะห์ ทดสอบ พัฒนาเกี่ยวกับยุทธวิธีและหลักนิยมของการปฏิบัติทางเรือ วิจัยและพัฒนาแนวความคิดทางยุทธศาสตร์และยุทธวิธี ฝึกอบรมการใช้เครื่องจักรคำนวณ จัดทำและรวบรวมข้อมูลเพื่อการจำลองยุทธ์ รวมทั้งซ่อมบำรุงเครื่องจักรคำนวณ

  • แผนกเครื่องฝึกจำลองยุทธ์ มีหน้าที่ ควบคุมดูแลการใช้เครื่องจำลองยุทธ์และเครื่องจักรคำนวณในการรวบรวมข้อมูลเพื่อวิเคราะห์ วิจัย และพัฒนาการฝึก ดำเนินการเกี่ยวกับการวิเคราะห์ระบบและจัดสร้างโปรแกรมต่าง ๆ รวมทั้งฝึกอบรมการใช้เครื่องฝึกจำลองยุทธ์
  • แผนกควบคุมการฝึก มีหน้าที่ ควบคุมการใช้เครื่องฝึกจำลองยุทธ์ การทดสอบแผนและคำสั่ง รวมทั้งแผนการรบและยุทธศาสตร์ของกองทัพเรือ วิเคราะห์ ทดสอบและพัฒนาเกี่ยวกับยุทธวิธีและหลักนิยมของการปฏิบัติการทางเรือ วิจัยและพัฒนาแนวความติดทางยุทธศาสตร์และยุทธวิธี จัดทำและรวบรวมข้อมูลเพื่อการจำลองยุทธ์
  • แผนกซ่อมบำรุง มีหน้าที่ ดำเนินการเกี่ยวกับการซ่อมบำรุง ปรับปรุงและทดสอบเครื่องฝึกจำลองยุทธ์ และเครื่องจักรคำนวณรวมทั้งอุปกรณ์ที่เกี่ยวข้อง